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（1）《专利法》11条规定，对于方法专利，任何单位或个人未经专利权人许可不得使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品，“依照专利方法直接获得的产品”是指使用专利方法获得的原始产品。
（2）方法专利的对象是方法而非产品，因此上例中如果方法专利权人同时发明了新的公演物质和合成方法，但仅就合成方法获得了发明专利，而没有就新化学物质申请专利权，则他人用不同的化学物质合成相同的化学物质并非专利侵权行为。
（3）对方法专利诉讼中举证责任的特殊规定
a、对于方法专利侵权诉讼而言，方法专利权人要举证证明他人未经许可使用专利方法是相当困难的，因为对专利方法的使用往往是在使用者自己的场所进行的，方法专利权人用常规手法很难进入使用者的现场加以取证，对此《专利法》第61条对于涉及方法专利侵权纠纷中举证责任作出了特殊规定：专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，这意味着如果专利方法是用于制造一种新产品时，而他人制造了相同的新产品，则可以推定他人是使用专利方法制造该新产品的，除非其可以举证证明自己使用了不同的方法。即举证责任倒置，增强对方法专利的保护。
b、旧产品：根据最高法院司法解释，产品或者制造产品的技术方案在专利申请日以前为国内外公众所知的，该产品不属于《专利法》61条规定的“新产品”，当然，对于“旧产品”制造方法而言，由于所专利权人难以接近被控侵权人的生产现场以取得完整的制造方法证据，因而客观上无法证明被控侵权人使用了专利方法制造“旧产品”，最高法院对此认为，如果专利权人已证明被控侵权人制造了同样产品，经合理努力仍无法证明其使用了专利方法，只要根据案件的具体情况，结合已经事实及日常生活经验，能够认定该同样产品经由专利方法制造的可能性很大，法院仍然可将举证责任分配给被控侵权人。
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